L'OBV Saguenay a été formé, suite à l'annonce en mars 2009 par le ministère du Développement durable, de l'Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques (MDDELCC), du redécoupage territorial du Québec méridional en 40 zones de gestion intégrée par bassin versant.

Des intervenants du Comité de bassin de la rivière à Mars (COBRAM), du Comité de bassin versant de la rivière du Moulin (RIVAGE) et du Comité de bassin du lac Kénogami et des rivières Chicoutimi et Aux Sables (CBLK), accompagnés par des représentants de ministères provinciaux se sont unis pour créer d'abord un comité provisoire.

En septembre 2009, l'assemblée générale de fondation de l'Organisme de bassin versant du Saguenay a créé officiellement le nouvel organisme responsable de la mise en ?uvre de la Gestion intégrée de l'eau par bassin versant (GIEBV) pour tous les bassins versants des rivières qui se jettent dans la rivière Saguenay.

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